Se všemi dotačními programy z Evropské unie je úzce spojena problematika veřejných zakázek, resp. výběrových řízení. Výběrová řízení musí provést nejen obce, státní příspěvkové organizace, ale i soukromé osoby (podnikatelé), které například žádají o dotaci na stavbu penzionu či na nákup nových strojů.
Náročnost výběrového řízení je závislá zejména na předpokládané hodnotě zakázky a předmětu zakázky. Chybně provedené výběrové řízení může mít totiž za následek neuznání způsobilých výdajů a snížení celkové výše dotace. Je samozřejmě rozdíl, pokud zadavatel požaduje dodávku propagačních předmětů v rozsahu 100 tis. Kč nebo stavbu hotelu za 50 mil. Kč. Stavební zakázky jsou specifické v tom, že zadávací dokumentaci tvoří zároveň projektová dokumentace stavebních prací, technická zpráva a rozpočty. Všechny tyto dokumenty nesmí obsahovat žádné názvy či obchodní označení výrobků.
Regionální poradenská agentura, s.r.o. zastupovala zadavatele v desítkách úspěšně realizovaných zadávacích řízení v celé škále hodnot veřejných zakázek, druhů zadávacích řízení a zdrojů financování Hodnota těchto zakázek přesáhla již více než 4 miliardy korun